而另一方面又发**兵xx各地**事：卢植领副将宗员率北军五校士负责北方战线，与张角主力周旋；皇甫嵩及朱隽各领一军，控制五校、三河**士及刚募来的**兵勇士共四万多人，讨伐颖川一带的黄巾军，朱隽又又上表召募下邳的孙坚为佐军司马，带同乡里少年及募得各商旅和淮**、泗****兵，共千多人出发与朱隽军连军。庚子日，张曼**攻杀南阳郡守褚贡，响应张角。
汉军在首战并未得利，於4月，朱隽军就被黄巾**才所败而撤退，皇甫嵩唯有与他一起进驻**社防守，被**才率大军围城，汉军人少，士气低落。又汝南黄巾军在邵陵打败太守赵谦，广阳黄巾军杀死幽州刺史郭勋及太守刘卫，黄巾军并未因汉室的动作而有败退的迹象。
反撃战
5月，京师见皇甫嵩被围，派曹**率军救援。不过援军未到时，皇甫嵩已心生一计，在傍晚时份吹起大风，皇甫嵩命士兵手持火把暗暗出城，利用黄巾军营寨周围的杂草，用火攻大破敌人，大呼进攻，城上亦举出火把响应，皇甫嵩以鼓助战，冲入敌阵，黄巾军大**，四处奔走。又遇上曹**的援军，被皇甫嵩、朱隽和曹**三面jia击，斩杀数万人，汉军大胜。23sns
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6月，南阳太守秦颉与张曼**战斗，斩杀了张曼**。黄巾军便改以赵弘为帅，以十多万人占据宛城。而皇甫嵩与朱隽军继续进击汝南、陈国的黄巾，追击**才到阳翟，最後在西华大败彭*，馀军想逃到宛城，但孙坚登城先入，众人蚁附般推进，大破敌军，**功讨平豫州一带的黄巾军。另一方面，卢植数战间大破张角，斩杀万多人。
张角唯有撤到广宗，卢植建筑拦挡、挖掘壕沟，制造云梯，将可攻下城池。正值灵帝派左丰视察军情，有人劝卢植贿赂左丰，但卢植不肯，左丰便向灵帝诬告卢植作战不力。灵帝大怒，用囚车徵卢植回京。京师唯有下诏再重新调整：皇甫嵩北上东郡；朱隽则攻南阳的赵弘；而以董卓代替卢植。而同样宗教形式的五斗米道在巴郡叛变，领导人「五斗米师」张修攻打郡县，但未受到汉室重视。23sns
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剿灭馀敌
朱隽与荆州刺史徐璆及秦颉共一万八千兵围攻赵弘，但6月至8月也不能攻克，京师有奏议徵朱隽回师，幸而张温上表说情，灵帝才**。但朱隽仍急攻赵弘，赵弘被杀，由韩忠代替。朱隽又因兵少不敌，便扩大防围、建筑阵垒，堆砌土山观望城内。朱隽军鸣鼓攻打西南，黄巾军被引开，朱隽则**率五千**兵掩杀东北，偷袭敌人後方，攻入城池，韩忠唯有退保内城。
黄巾军受挫，士气低**，向汉军乞降。张超、徐璆和秦颉都认为可以接受，但朱隽认为如接受的话，会给百姓有利为贼，无利乞降的错误观念，便不接受并急攻敌军，可是数战也不能攻克，朱隽登上土山观望黄巾军，明白黄巾军没有退路，而尽力一战，所以未能攻克。23sns
23sns**上**说网朱隽便**围军，韩忠果然出战，被朱隽大破，朱隽向北追击韩忠数十里，斩杀万多人，韩忠投降，秦颉一向与韩忠不和，便将他杀死。这举动反令黄巾军不安，又推孙夏为帅屯兵宛中城。朱隽再次急攻，于11月癸巳日，孙夏败走，汉军追至西鄂**山，又被大破，斩杀孙夏及万多人，黄巾军解散，平定宛城一带。185年**天，班师回京。
另一方面，于8月皇甫嵩到达东郡仓亭，大破、生擒卜己，斩杀七千多人。而董卓进攻张角不**功，无功而还，便在乙巳日要求皇甫嵩继续北上。不过，张角已经病死，在10月於广宗便和张梁战斗，张梁军犟，於首战不能攻克。在明日，皇甫嵩闭营与士兵休息，另一方面派人观察敌军举动，黄巾军战意稍为松懈，皇甫嵩便乘夜率兵，在黎明时份突袭敌阵，战至下午，**功大破敌军，斩杀张梁及三万多人，於逃走到河堤时溺死的也有五万多人，焚烧车辎三万多辆，虏获人数甚多。而张角则被破棺戮尸，运首级回京师。11月，皇甫嵩与钜鹿太守郭典攻打下曲阳，**功斩杀张宝，俘虏十多万人。黄巾之**平息。
结果
**事虽被平息，但汉室威信遇上一次严重的打击，但汉灵帝没有xx，反而继续享乐。於各地还不断发生**形叛**，产生许多分散的势力，如黑山、白**、黄龙、左校、牛角、五鹿、羝根、李大目、左髭丈八、苦蝤、刘石、平汉、大洪、白绕、司隶、缘城、罗市、雷公、浮云、飞燕、白爵、杨凤、于毒等，势力**的也有数千人，势力大的甚至有百万人，如张燕的黑山贼。
188年，黄巾军再次发生起义，黄巾余部纷纷起事。2月，郭太等于西河白**谷起事，攻略太原郡、河东郡等地。4月，汝南郡葛陂黄巾军再起，攻没郡县。10月，青州、徐州黄巾军又起，攻略郡县。11月，汉廷派遣鲍鸿进讨声势最大的葛陂黄巾，双方**于葛陂，鲍鸿军败。黄巾各部此伏彼起，声势虽然没有第一次黄巾之**般盛，但却令汉室十分头痛。
为了xx平**，于188年3月，灵帝接受太常刘焉的建议，将部份刺史改为州牧，由宗室或重臣担任，让其拥有地方军、政之权，以便加强地方政权的实力，更易控制地方，有效进剿黄巾余部。而正因汉灵帝下放权力，助**地方军拥兵自重，各群雄互相攻击，逐鹿中原，甚至东汉皇帝在军阀手中如同无物，所以黄巾民变是促使东汉灭亡的导火线，也是三国时代的序幕。虽然如此，**事仍造就了大赦党人，令许多文人、官吏得以重新受任。